1874年，明治政府设立小学教则讲习所，开始了师范教育。此后，1878年演变为长崎县师范学校，到1943年成为长崎师范学校。1905年设立的长崎高等商业学校到1944年成为长崎经济专门学校。药学部始于1890年设立的第五高等中学医学部药学科，1923年成为长崎医科大学的附属药学专门部。水产学部则始于1921年在长崎师范学校里设立的长崎县实业补习学校教员培训所，到1944年成为长崎青年师范学校。
- 把教育和研究两方面争创世界一流作为目标，推进战略性教育研究计划，谋求教育与研究的进一步高度化与个性化。
- 在「学生顾客主义」的标语下，充实基础教育、学部专业教育、大学院教育以提供最高水平的教育,同时在入学选拔、课外活动、就职等涉及学生生活的各方面进一步强化支援体制。
- 进行知识产权的适当管理，通过灵活运作知识产权与人、物资源的地域联合、产学官联合、国际性联合，推进教育与研究成果回归社会。
1949年5月31日，成立了新制大学，包括学艺学部(现教育学部)、经济学部、医学部、药学部、水产学部5个学部，以及附属图书馆、风土病研究所（现热带医学研究所），学艺学部附属小学、中学、幼儿园和附属于医学部的医院和护士培训设施。此后，分别于1966年开设工学部，1979年开设齿学部，1997年开设环境科学部。
研究生院则分别于1955年开设医学研究科，1965年开设药学研究科，1970年开设水产科学研究科（现生产科学研究科博士前期课程），1976年开设工学研究科（现生产科学研究科博士前期课程），1986年开设齿学研究科。1988年以工学部和水产学部为母体开设海洋生产科学研究科（现生产科学研究科博士后期课程）。1994年开设教育学研究科，1995年开设经济学研究科，2002年开设环境科学研究科（现生产科学研究科博士前期课程）。另外，在2002年医学研究科、齿学研究科、药学研究科合并后设立了医齿药学综合研究科。
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本科
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学部
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学位以及专业名称
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教育学部
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学士（教育学）
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经济学部
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学士（经济学）
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医学部
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医学科
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学士（医学）
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保健学科
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学士（护理学）、学士（保健学）
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齿学部
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学士（齿学）
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药学部
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学士（药学）
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工学部
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学士（工学）
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环境科学部
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学士（环境科学）
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水产学部
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学士（水产学）
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■研究生院
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研究科
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课程
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学位以及专业名称
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教育学研究科
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硕士课程
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硕士（教育学）
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经济学研究科
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博士前期课程
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硕士（经济学）硕士（经营学）
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博士后期课程
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博士（经营学）
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生产科学研究科
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博士前期课程
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硕士（学术）硕士（工学）硕士（水产学）硕士（环境科学）
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博士后期课程
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博士（学术）博士（工学）博士（水产学）博士（环境科学）
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医齿药综合科学研究科
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博士课程
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博士（学术）博士（医学）博士（齿学）博士（药学）
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博士前期课程
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硕士（药学）硕士（临床药学）
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博士后期课程
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博士（学术）博士（药学）博士（临床药学）
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长崎大学 环境科学部 支援留学生制度
(1) 留学生委员会
环境科学部为接受留学生的商谈，进行协助和指导,由教师组成留学生委员会.留学生委员会的教师针对留学生的各种问题,提供学习和生活上的建议和指导.
除留学生委员以外,又设置担任教师和指导教师，进行咨商，指导和协助.
(2) 辅导学生制度
为每个一,二年级的留学生,从学部学生或研究生当中,选出辅导学生. 辅导学生不定期的和留学生进行学习,生活和人际关系上各种问题的交谈，并与留学生委员会以及指导员密接联系,提供所必要的协助. 辅导学生和留学生同为学部生或研究生,对留学生而言，比教师容易进行咨商.
辅导学生对留学生提供以下的协助.
1. 学习方面的事例
+ 为提高日语能力
+ 理解课业的内容
+ 申请奖学金以及选课等各种手续.
2. 生活方面的事例
+ 提供生活方式等日常生活的基本资讯.
+ 寻找住房
+ 寻找打工
+ 经济问题的咨询
3. 人际关系方面的事例
+ 留学生和日本学生之间的人际关系
+ 地域居民以及打工处人员之间的人际关系
(3) 奖学金,宿舍,医疗费补助,民间宿舍保证人支援,海外旅行伤害保险加入支援等经济方面的支援制度.
(4) 英语辅导班
英语辅导班旨在提高学生的英语水平,留学生也可以参加.
